韩国与日本因独岛（日本称为竹岛）主权问题产生严重对立，但4月22日双方经过长时间磋商后最终达成妥协，韩国放弃在2006年6月举行的国际会议上提交海底地形名称议案，日本则中止调查。据日本共同社报道，在交涉过程中，日本政府令两艘测量船在日本海待命，作出“强行调查”的姿态以迫使对方让步。

海上保安厅的主张

　　2005年11月下旬， 日本海上保安厅官员在韩国某大报的网络版上发现一则报道称，韩国政府要把独岛附近的海底山命名为“沈兴泽海底山”等，在包括日韩存在争议的6处专属经济水域(EEZ)在内，把18处海底地形都冠以韩国名称。该官员马上意识到“韩国计划将独岛附近海底地形全部以韩国名称命名”。

　　日本海保厅立即通报了外务省，指出韩国2006年6月要向“海底地形名称委员会”提交议案，目的可能在于获得国际认可。海保厅提出日本也应该拿出应对措施，在独岛附近海域展开调查，向该委员会提出日本的名称方案。但是，外务省不想“刺激韩国”，搁置了这一建议。

　　2006年1月下旬，海保厅得到了韩国计划再次对独岛附近海域展开调查的“年度报告”。报告显示，韩国将于“2月1日至3月2日”，以及在7月和10月进行3次调查。海保厅认为“韩国是在动真格”，再度向政府提出日本也应该进行调查。

首相官邸作出决断

　　2006年3月，日本首相官邸接受了海保厅的建议。据日本政府有关人士透露，事态出现转折的起因是，停留在官邸事务一级的信息传到了官房长官安倍晋三的耳中。官邸的决断有着强烈的政治意义， 即不能对韩国的名称提案熟视无睹。外务省对此未表示异议，4月4日政府公报发表消息称，时隔30年后，日本要在独岛海域展开海洋调查。

　　韩国立即作出回应。韩国外交通商部第一次官柳明桓4日下午召见日本驻韩国大使大岛正太郎并抗议说： “未经韩国同意的调查违反国际法，要求立即停止”。大岛大使起身反驳称“调查是日本正当的权利”。18日，测量船驶出东京的消息一传出，韩国媒体顿时出现一片反日呼声。

　　日本外务省一方面与首相官邸和海保厅统一口径， 强调日本的做法“在国际法上没有任何问题”，同时开始暗中寻求妥协方案。外务事务次官谷内正太郎17日秘密会见韩国驻日本大使罗钟一时提出“如果韩国停止提出名称议案，日本也将停止调查。此外别无解决办法”。由此可见，日韩最终的妥协案已在此时提出。

强硬主张浮出水面

　　谷内：“日本的海洋调查不涉及竹岛的主权问题， 纯属科学调查。”

　　柳明桓：“这其中有历史背景。不能接受纯属调查的说法。”

　　21日开始在首尔举行的日韩外务次官级会谈持续了两天。双方断断续续共进行了16个多小时的谈判。妥协办法事前彼此都很清楚，关键在于如何保住各自的面子。

　　柳明桓称“名称提案是主权权利”，反对在双方的妥协案中明确表示“取消6月提案”。谷内则反复声称，“如果韩国在达成协议后作出与日本不同的解释，日本政府将垮台”，要求韩国作出明确承诺。

　　在这番争论中， 日本的测量船一直在鸟取县境港海域待命。据海保厅有关人士透露，面对谈判僵局，政府内部开始出现强行开始调查的主张，认为如果韩国缉拿测量船，韩方将遭到国际社会的谴责。

　　22日中午过后，安倍通过国际电话向谷内发出指示，“如果达不成协议可以退席回国”。 谷内随即向柳明桓发出最后通告，“如果不能达成共识，日本将不得不着手调查”。当天晚上，韩方柳明桓表示“破裂在所难免”、并快步退出了会场，后来日方追上后递交了一纸短文。里面写道，日本单方面确认韩国将不在6月提交议案；韩国方面可在记者招待会上言及“在必要的时候适当地提案”。

　　这份含糊其词的妥协案照顾到了可能被国内舆论批评为“软弱”的韩国政府的立场。双方终于达成妥协。23日，测量船也撤回到了东京。

日本与韩国的独岛之争终于告一段落