由于检察机关侦办首长特别费案出现南北宽严不一的双重标准，法务部长施茂林认为检方应有统一见解，检察总长陈聪明则态度保留，使得此一议题不仅再度成为舆论焦点也引发民众对检察系统的质疑：未来侦查其它案件若无一致标准，势将难以善了。

　　《中央日报》撰文称，马英九在台北市长任内涉及的特别费案，高检署检察官侯宽仁不但详查不需发票部分，还认定以领据支领，将特别费汇入私人账户是“实施诈术”，因而以贪污罪名起诉马英九；台南地检署检察官陈明进则以既无足够资料证明特别费完全没有实质补贴性质，自难举证被告有主观犯意，更不能因为主计、审计制度上的缺漏，要机关首长负刑事责任，因此对前台南市长许添财不起诉。

　　显而易见，南北两地的检方认事用法截然不同，从特别费汇入私人账户有无施用诈术、算不算首长薪资的实质补贴、到不用单据核销的半数特别费汇入账户或领支票、领现金的领取方式该不该有不同侦办标准，双方的见解都南辕北辙，究竟何者正确，当然值得研究。轻率作出孰是孰非的判断，固然不宜，但公道自在人心，是非自有公论，总不能任由民进党来认定。

　　平心而论，特别费的定位确有争议，审计单位、主计单位及法务部等政府机关尚且认定不一，支领特别费的首长自然混淆不清。何况在过去四十多年来，领据部分一向是支领之后即核销，不必看用途，年底也不必将未用完金额缴回；同时，领据部分从来不过问使用项目与内容，完全授权首长主观裁量，范围甚宽。至于需要原始凭证、发票核销的另一半特别费，则只要发票内容不符会计、审计要求，就会构成诈欺或贪污罪嫌。

　　这样的做法，究竟是否当初设置特别费的本意，容或见仁见智，但客观上至少可以认定，领据核销的部分，首长没有实施诈术的问题，也无侵占或公法上的不当得利。但候寛仁在起诉马英九时，显然并不采取这种见解，其对错姑且不论，基于“检察一体”的立场，对于许添财自然也应采用相同标准才对！何以两者待遇差别如此之大？难道其中没有问题吗？

　　老实说，特别费不是刑事问题而是制度问题，人尽皆知，南检的起诉书只不过说出真相而已，并没有什么特殊。问题是涉及特别费的首长成千上万，为什么独独对马英九倾全力来侦办，并采取最严苛的标准？为什么民进党四大天王及翁岳生等人被检举的时间只差马英九一个月，到现在才刚刚起步进行调查，而且还要“研究后订出一个标准”？说穿了，无非是选举考虑。

　　民进党政府明知特别费是“历史共业”，但为了打击马英九的道德形象，还是要硬干到底，即使不能让马英九丧失参选2008的资格，至少也要丑化他的形象，在这样的思维逻辑下，马英九不该被起诉却被起诉，当然不足为奇！反正“欲加之罪，何患无辞”！只是检察系统如果还沦为政治打手，那就不只是马英九一个人的不幸，更是台湾的悲哀！有鉴于此，对于特别费的侦查作为、方式及适用的法律基准，检方必须要商定一致性的标准，对于朝野所有有志参选2008的人，也都要全面检验，一体适用。