中共在1964年开展了一场四清运动，刘少奇的夫人王光美卷入了这次运动，毛泽东与刘少奇的矛盾也进一步激化，毛泽东1965年1月不点名批评刘少奇，为此，刘少奇检讨说：对主席不够尊重。
王光美到桃园 毛泽东刘少奇分歧加剧
1963年11月，王光美根据刘少奇要她下去锻炼的指示，化名董朴，以河北省公安厅秘书的名义参加了河北省委工作队，下到唐山专区抚宁县卢王庄公社桃园大队，担任大队工作组副组长。林小波在《“四清”运动中的毛泽东与刘少奇》中记载，离京前，王光美问刘少奇，应该注意什么？刘少奇只简单地讲了一句：“不要先有框框，一切从实际出发，有什么问题解决什么问题。”王光美下乡参加农村“四清”运动，也受到毛泽东的赞同和支持。她每一次回来，毛泽东都向她询问情况，并多次说过，“根子在上面”。
刘少奇与王光美
这一时期，刘少奇也多次提出“挖根子”。1964年春节期间，刘少奇在听取王光美的汇报时指出：犯严重“四不清”的错误，根子在哪里？我们说根子是封建势力和资本主义势力的腐蚀和影响，如一般所说的“错在干部，根子在地、富”，这是下面的根子，群众还提出有上面的根子。上面有根子没有？要不要挖？应该切实查一下上面的根子。很多事实说明，犯严重“四不清”错误的干部，如果没有上面干部的保护，就不敢犯那么严重的错误，不敢犯大错误。科员不拉科长下水，就不敢乱搞、大搞；科长不拉处长下水，就不敢乱搞、大搞；处长不拉部长下水，也不敢乱搞、大搞。生产队干部没有大队干部撑腰，不敢胡搞；大队干部没有公社干部撑腰，不敢胡搞；公社干部没有上面干部撑腰，也不敢胡搞。他强调，上面的根子要追，上面的根子更危险，一律要追，追到什么地方算什么地方，是公社的追到公社，是县委的追到县委，是地委的追到地委，是省委的追到省委，是中央的追到中央。
刘少奇“挖根子”的思想，基本上是着眼于解决基层干部的贪污腐化、蜕化变质等问题。虽然提出要追中央的根子，但他对高级干部在政治上还是信任和倚重，而对农村基层干部，却明显表现出政治上的不信任。
与刘少奇“眼光向下”不同，毛泽东一方面对基层干部贪污腐化、“被敌人拉出去，打进来”甚为不满；另一方面，又警觉中央高层出修正主义的问题。特别是1962年发生在中央高层的所谓“单干风”、“黑暗风”、“翻案风”，使毛泽东一开始就有着与刘少奇不同的思路。而这种差异，以及由此引起的问题，在运动开始时尚不十分明显。但随着运动的大规模开展，两人的这种分歧日益加剧。
王光美回京介绍“桃园经验”
1964年五一节前，王光美回到北京。在乡下五个月比较辛苦，她想休整一段时间再说。1964年7月5日，王光美向河北省委工作会议汇报，这个长达十余万言的讲稿被称为“桃园经验”。
毛泽东看了“桃园经验”，很欣赏，亲自将这份总结批转全国，以示推广。他还推荐给江青和身边工作人员看。
据《王光美访谈录》记载，1964年5月至6月，中央开了一次全国工作会议。会上进一步强调开展社会主义教育运动。毛泽东在会上说：全国基层有三分之一的领导权不在我们手里。刘少奇同意毛泽东的意见，提出在群众没有充分发动起来以前，不能强调团结95%以上的干部。
不久，中共中央书记处作出决定：成立全国“四清”、“五反”指挥部，由刘少奇挂帅，并主持修改《后十条》。这样，指导全国的社会主义教育运动，成为刘少奇的一项重要工作。
在毛泽东的多次催促下，1964年9月1日，刘少奇才在前面加了按语，称其“是在农村进行社会主义教育的一个比较完全、比较细致的典型经验总结”。刘同时又指出：桃园经验既有普遍性，又有特殊性，“所以桃园大队的经验只能作为参考，不要把它变为框框，到处套用。”
毛泽东发怒 刘少奇道歉
也正是“桃园经验”，使毛泽东与刘少奇的矛盾激化。1965年1月3日，第三届全国人大选举国家主席。据刘源回忆，这天，毛泽东召开中央政治局常委扩大会议，汇报“四清”情况，通知王光美也参加。再次当选国家主席的刘少奇走到北京厅时，发现夫人在场，一下子愣住了。王是第一次参加毛主持的中央会议，心情很紧张。刘坐在她的对面，四目相望，却不好说什么。
《“四清”运动中的毛泽东与刘少奇》记载，在这次会上，一些负责人汇报了运动开展的情况。当河北省委负责人汇报到保定地区新城县的试点情况时，毛泽东打断说：“集中了一万五千人，搞一个小县，二十八万人口，搞了几个月还搞不开。学习文件四十天，不进村。我看是搞了繁琐哲学。我不赞成这种学习。到农村去可以学嘛。二十几岁的大学生，光是学文件怎么学得进去？有成绩没有？那个文件，一天就读完了。第二天议，议一个星期就下去。到农村里去学嘛，向贫下中农去学嘛。你一个新城县，二十八万人口，下去一万五千人，还说人少了。哪里来这么多的人？哪里要这么多的人？我看是人多了。你只依靠工作队，为什么不去依靠那个县的二十几万人？越学越蠢！反人家的右倾，结果自己右倾。”
毛泽东的一通批评，叫人摸不着头脑。
组织部长见局面不好收拾，请出开国元勋从中调解。陶铸、安子文又给刘少奇提意见。刘少奇为顾全大局，向元帅们征求意见，开了生活会，征求和听取批评。政治局开会时，刘少奇检讨说：对主席不够尊重。毛泽东却说：“这不是尊重不尊重的问题，而是马克思主义同修正主义的问题。在原则问题上，我是从不让步的。”
在此后一年多的时间里，中共中央一线工作虽然还是由刘少奇主持；但是，毛泽东的一些重要想法和部署，已不再同刘少奇及其他常委商量。一年半后，“文革”爆发了。
刘少奇与毛泽东的分歧：
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