在南京1937年12月13日沦陷后，日军于南京及附近地区进行了长达数月的大规模屠杀。关于这场屠杀的死伤人数，目前尚没有一个世界共同认可的数字，不过，一般认为死亡人数超过三十万。在这场屠杀中，日本大使馆也无能为力，他们曾试图通过传教士将日军的罪行公布于世。
南京的活地狱
12月13日，南京城沦陷。惨绝人寰的南京大屠杀随即拉开了序幕。成群的中国人涌向安全区内设置的25个难民收容所，最多时达45万人。
南京大屠杀实证之一
田伯烈《外人目睹中之日军暴行》记载，当日军进南京的时候，日机曾散发传单，宣称“日军将尽力保护善良的人民，使他们能够安居乐业”。12月10日，日军总司令松井石根大将在劝唐生智将军不战而退的传单中，也这样说：“日军对于抗日分子虽然苛酷无情，但对非武装的平民与不怀敌意的中国军队，则采取宽宏和善的态度。”
日本军队对于自己的诺言，究竟履行到什么程度，下面的事实可以显示出来。这是南京一位最受尊敬最有声望、态度极为公正的外侨，于12月15日写给上海友人的一封信，把日军占领南京后几天内的情形，加以扼要而明白叙述：
南京的日本军队已经失去了声誉。日本军队本有极好的机会获取中国人民和外侨的尊敬，这机会也给他们抛弃了。中国政府和中国军队撤离南京时，秩序确多紊乱，日本一向夸耀它是有秩序有组织的国家，所以当日军攻入南京时，曾有许多人表示宽慰，并以为战争的紧张和空炸的危险，可暂告结束。中国军队从南京撤退时，实际上大部分的市区，并未受严重的损毁，可是其紊乱情状已造成一种恐怖空气，现在这种恐怖也可解除了。
但在日军进城后的两天之内，整个的希望是幻想，连续不断的屠杀，大规模的经常的劫掠，侵扰私宅，侮辱妇女，一切都失去了控制。外侨目观街道上堆满了平民的尸体。其中一大部分是13日午后及晚上日军入城时或被枪杀，或被刺死的。任何人如因恐惧兴奋而奔跑，任何人在黄昏以后如为巡逻日军所执，都有就地枪杀的可能，这暴行实在是无可辩解的。在难民区，在其它地方，都是如此。若干外人和有地位的华人曾目观这些暴行，有些刺刀的伤痕，非常残酷，简直是野蛮人的举动。
当然，南京日军种种恐怖残酷的行为，并不足以代表日本帝国的伟大成就，日本有许多负责的政治家、军人和公民。他们为日本自身的利益打算，应该毫不犹豫地设法补救在中国已大为堕落的地位。有少数士兵和长官确能严守纪律，顾全日本皇军和帝国的声誉，但日军的整个行动则是一个悲惨的打击。
日本大使馆无法控制军人
面对这种情况，日本大使馆也无能为力。南京另一个外侨向上海友人报告下面的事实：
国际委员会主席雷伯和秘书史密斯(lewisC.Smythe)两君，访问日军司令部，欲见负责长官，请求阻止难再容忍的骚扰行动，但长官尚不得进城，须等到明天。他们的访问无论如何是徒劳无益的。
……
12月19日，星期日。完全陷入无政府状态。日本兵放火、燃烧甚烈，据说还有几处也要烧。许多地方的美国旗也被撕毁。挂在美国学堂上的国旗，竟给他们扔在地上践踏，并警告看屋的人，若敢再挂上，就要他的命。连日本大使馆贴在外侨住宅上的布告，也受到侮辱。一天之内。日本兵闯入若干外侨的住宅，竟达五次到十次之多，住宅内的难民被搜劫，妇女被强奸。一些人是很残忍地被杀死了，毫无原因。
我又偕史密斯君去访问日本大使馆，又提出五十五种暴行的证据，并告田中参赞和驻京总领福井今天的情形是愈恶劣了。他们确切表示将“尽力设法”，局势不久可望好转，但事情很明白，他们无法控制军人，军官也无法控制士兵。据说有十七个宪兵已到达南京，将协助恢复秩序。十七个宪兵控制五万军队，岂非笑话？平心而论，我们却很欢喜日使馆里的几位老先生，他们也许真已尽了他们的力量，可是他们反要我借车子和一个机匠，我们倒又觉得好笑。我们有许多辆车子，早给日本兵偷去了，我很想请他们去向日本军人商量。但我终于领他们到美国大使馆，借了三辆车子 (其中一 辆是大使的)，并拖去一个美国机匠。
12月20日，星期一。暴行继续不已。全城大火蔓延。
我们拟就致上海美国总领事的一个文稿，请求立即派遣代表团来京，刻不容缓，并恳求日本大使馆设法由海军无线电发出。不用说，这电报是永不会发出的。
12月21日，星期二。午后两时半，我们十四人访问了田中参赞，面呈由二十二个外侨具名的抗议书 (参看附录之四)，要求终止纵火骚扰的不幸事态，他又满口允许……
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