性崇拜是人类性文化的初始状态，全世界的各个民族几乎概莫能外。生殖器崇拜是性崇拜的一个主要内容，日本古代这方面的表现也很突出。

　　据北野博美查考，有这方面内容的神庙至今还有四百座左右。许多神庙所供奉的神像，包括男神和女神，都露有生殖器，而这是神圣的和有力的象征。分布较广的男神有道祖神，以甲州、信州为最多，还有塞神，又名幸神、石神，以九州较多；还有金精神，以奥州最多；又有道镜神，以九州、奥州最多。人们尊崇这些神像，也尊崇他们的生殖器，常去抚摸、亲吻，以求爱情和婚姻幸福，或祈求得子。据当地民众介绍，这种风俗是从中国传过来的。

　　日本古代还十分崇尚外形类似男女生殖器的石头，认为它们是神灵，于是朝它们顶礼膜拜。日本人崇尚自然，他们对大自然的崇拜，例如山崇拜、水崇拜、石崇拜、火崇拜等。他们将这些类似男女生殖器的石头称为“阴阳石”或“凹凸石”。

　　直至今日，“阴阳石”或“凹凸石”还遍布日本的许多地区，人们还把它们看成是一种奇景，一种圣物。特别是日本的女阴崇拜多以天然的洞窟或凹形的自然石为其象征，最有名的是土佐长冈郡介良村朝峰神社背后的洞窟，深五丈余，形似女性生殖器，许多妇女都去祈求怀胎、安产。