國民党“馬蕭配”成局後，民進党對馬英九找蕭萬長搭檔雖有零星抨擊，要直接下重手卻很難；因為蕭萬長不但曾任陳水扁首席財經顧問，徒子徒孫更遍佈內閣財經體系，何美玥、陳瑞隆等大將當年更都是“蕭家班”入室弟子。
《中國時報》6月26日發表署名為林淑玲的分析文章。“老蕭回來了！”這幾天成了台灣內閣熱門話題。外傳，行政院已經在蒐集蕭萬長擔任閣揆期間使用特別費的“黑資料”，要提供給民進党總統參選人謝長廷打選戰，一位事務官聞言，哼了一聲說：“不要以為老蕭在院裏都沒有人了！”
文章指出，馬英九找蕭萬長搭檔，最大資產就是蕭在行政體系的雄厚背景。他擔任行政院長前，歷任經濟部長、經建會主委、陸委會主委，手下文官很多還在原部會。以政務委員兼經建會主委何美玥為例，蕭擔任經濟部長時，何才是工業局組長；經濟部長陳瑞隆當年還是蕭辦公室的秘書。
一位資深事務官就分析，等大選肉搏戰開打時，高層若要求財經部會站到第一線打“馬蕭配”的財經政策，有人一定是天人交戰。
就像現在，陳水扁也不便對“馬蕭配”多說什麼。據了解，陳水扁在蕭萬長擔任副手一事曝光前十天，就已知道此一訊息，但到25日為止，他都還未對蕭萬長出手，馬英九找蕭萬長，確實對陳水扁是個難題。
陳水扁在2003年延攬蕭萬長擔任“總統經濟顧問小組”召集人，小組從7月到12月總共召開七次會議，包括成立金管會、推動財政改革、檢討人口政策、強化服務業等，都是蕭萬長帶領顧問小組成員研討，再由陳水扁指示，責成行政院辦理。換言之，在那段時間，內閣財經政策的主導權就在“總統經濟顧問小組”，蕭萬長的財經影響力甚至超過閣揆。
最近，綠營猛批“馬蕭配”是“政治統派加經濟統派”的結合。但回首2003年，陳水扁10月接見當時的美國在臺協會（ＡＩＴ）理事主席夏馨時，還提到夏馨在2001年投書《華盛頓時報》以“一制兩國”為題呼籲美國政府支援蕭萬長所倡議的兩岸共同市場，希望透過經貿統合，突破一個中國的僵局。可見陳水扁也是此一時彼一時。
甚至可以說，在陳水扁2004年為尋求連任，全面向深綠傾斜前，以扁蕭緊密的關係，內閣財經政策，幾乎就是蕭萬長的政策。
即便在“總統經濟顧問小組”改組，林信義取代蕭萬長擔任召集人之後，陳水扁蕭萬長的關係也還不差。蕭萬長的辦公室雖都低調表示，蕭萬長不當經濟顧問後就沒有與陳水扁見面了。但據了解，蕭萬長一直到前陣子，還常以中華經濟研究院董事長身分，陪外賓拜會陳水扁，兩人一直保持不錯的互動。
陳水扁2005年接受專訪時還公開推崇蕭萬長是經濟學家，經驗豐富，蕭萬長建議政府2008舉辦“台灣博覽會”，因應2008年北京奧運，2010年上海博覽會，他覺得非常好。
文章強調，自古兵家最怕“窩裏反”，之前傳出馬英九可能找蔡英文搭檔，綠營高層私下都很擔心；蕭萬長雖未在扁政府為官，卻是擔任更高一級的總統經濟顧問。綠營打蕭萬長必然有后座力，如果蕭萬長真的那麼差，豈不代表陳水扁識人不明？之前的財經政策也都失敗？尤其陳水扁政府七年，財經人才培養幾近空白，要叫昔日的“蕭家班”打蕭，真是情何以堪！
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